Giả thuyết UFO quân sự đã được hồi sinh vào thập niên 1990 để giải thích một loạt trường hợp chứng kiến UFO hình tam giác đen, xảy ra chủ yếu trong làn sóng nhìn thấy UFO ở Bỉ. Máy bay F-117 A của Mỹ (ít người biết đến vào thời điểm đó) được coi là lời giải thích cho UFO hình tam giác đen, nhưng giả thuyết về quá trình phát triển máy bay quân sự như một phần của dự án bí mật cũng được đưa ra; trong số này có máy bay Aurora của Mỹ và máy bay Ajax của Nga.

Vũ khí bay không xác định

Jean-Pierre Pharabod lập luận ủng hộ giả thuyết quân sự, theo đó việc giải thích về UFO không thể giảm xuống thành việc hiểu sai các hiện tượng tự nhiên và vật thể nhân tạo, ảo ảnh quang học, ảo giác và giả mạo. Trong quá khứ đã có những máy bay quân sự bí mật hoặc máy bay quân sự có chuyến bay bí mật, chẳng hạn như U-2 vào thập niên 1950 hay B-2 vào cuối thập niên 1990; những chiếc máy bay này đã gây ra vài cảnh tượng kỳ lạ. Do đó, thật hợp lý khi nghĩ rằng thực thể có trí thông minh đứng đằng sau những vụ chứng kiến UFO, không thể giải thích bằng hiện tượng tự nhiên, yếu tố tâm lý hay trò lừa bịp, mà có thể là máy bay quân sự bí mật. Do đó Pharabod đề xuất sử dụng từ viết tắt AVNI (viết tắt của Vũ khí bay không xác định) thay vì UFO (Vật thể bay không xác định) dành cho những vật thể khó mà nhận dạng nổi.[12]

Vụ máy bay F-117 A

Nhóm nhà báo khoa học Isabelle Anderson, Jean-Louis Carrel, Peter Collins, Yann le Garrec, Isabelle Martin và Raphael Picard từng có lần đề cập đến hiện tượng UFO năm 2007 trên tạp chí Science. Họ tuyên bố rằng "chắc chắn nhiều máy bay tàng hình của Mỹ đã bị nhầm lẫn là UFO". Hai mươi năm có thể trôi qua kể từ khi thiết kế các loại máy này cho đến các chuyến bay thử nghiệm (luôn được thực hiện vào ban đêm) cho đến khi chúng được trình làng chính thức. Điều này cũng xảy ra với máy bay F-117 A, được thử nghiệm từ năm 1977 và tiết lộ với báo chí vào năm 1990. Máy bay này được trang bị một hệ thống phụ cho phép phản xạ sóng radar theo mọi hướng ngoại trừ chính radar truyền phát. Hóa ra chiếc máy bay tàng hình này đã nhiều lần bị các nhân chứng chân thành nhầm lẫn với UFO. Các tác giả nói thêm rằng chiếc máy bay hiện đang được thử nghiệm, sẽ bay trong hơn mười năm nữa, đối với chúng ta ngày nay sẽ có vẻ như chúng được sản xuất từ ngoài Trái Đất. Nếu những chiếc máy bay này rơi xuống đất, quân đội Mỹ chắc chắn sẽ gấp rút dọn dẹp các mảnh vỡ, thay thế bằng những mảnh vỡ thông thường hơn. Đề cập đến các UFO được nhìn thấy vào thập niên 1940 và 1950, họ kết luận: "Nhưng mà cho đến lúc đó, chẳng phải những chiếc máy bay hình đĩa phi thường này cuối cùng đã xuất hiện trước mắt chúng ta sao?".[13]

Vào thời điểm xảy ra làn sóng UFO ở Bỉ, chiếc máy bay F-117A ít được biết đến lúc bấy giờ đã được nhà báo hàng không Bernard Thouanel đề xuất trên tạp chí Science et Vie để giải thích những trường hợp nhìn thấy.[14] Tuy vậy, chính phủ Mỹ phủ nhận việc thử nghiệm F-117A ở Bỉ vào thời điểm đó. Thế nhưng luận điểm này vẫn hợp lý, đặc biệt là khi bắt đầu làn sóng (trên thực tế người ta có thể thấy trước một cuộc vượt biên từ Đức sang Anh để chuẩn bị cho Chiến tranh vùng Vịnh), nhưng vẫn chưa được chứng minh cho đến khi chính phủ Mỹ khẳng định rằng vào thời điểm đó đã có thực tế là máy bay F-117A ở Bỉ. Nhưng khả năng được cho là của làn sóng UFO được cho là của Bỉ dựa trên câu chuyện về các phi công chiến đấu cơ caccia F-16 đã cố gắng đánh chặn chúng sẽ cao hơn nhiều so với khả năng khiêm tốn của F-117A. Những người hoài nghi tranh cãi về khả năng phi thường được cho là của những UFO này nhưng thích ủng hộ, cho đến khi có bằng chứng ngược lại, giả thuyết về sự lây lan tâm lý xã hội dựa trên những quan sát hiểu sai về nhiều loại máy bay trực thăng và máy bay hơn là dựa trên quan sát F-117A.[15]

Dự án Aurora

Aurora là tên thường được đặt cho một loại máy bay trinh sát giả định của Mỹ, được phát triển bắt đầu từ giữa thập niên 1980 và là tên kế thừa cho chiếc Lockheed SR-71 Blackbird đã rút khỏi hoạt động (để thay thế cho Blackbird, một số người đặt cho nó cái tên SR-91 Aurora).[16][17] Tuy nhiên, sự tồn tại của chiếc máy bay này vẫn chưa được xác nhận chính thức.

Dự án Ajax

Ajax là tên của một dự án thử nghiệm động cơ đẩy không khí của Nga sử dụng công nghệ từ thủy động lực học. Máy bay Ajax vốn là loại máy bay siêu thanh cánh phẳng, có tốc độ tối đa vượt Mach 10. Dự án được cơ quan mật vụ Nga phê duyệt vào cuối thập niên 1980. Dự án này bị bỏ dở do thiếu vốn sau sự sụp đổ của Liên Xô.[18]